Di Indonesia kerapu termasuk komoditas unggulan perikanan budidaya. Harga cukup tinggi dan merupakan komoditas ekspor yang sangat diminati di pasar Internasional. Terdapat 7 genus ikan kerapu yang tersebar di perairan Indonesia, yaitu Aethaloperca, Anyperodon, Cephalopholis, Chromileptes, Epinephelus, Plectropomus, dan Variola. Dari 7 genus kerapu tersebut tidak semua dapat dibudidayakan dengan baik. Ada 3 genus saja yang dapat dibudidayakan dengan baik dan memiliki nilai ekonomis yang tinggi. Ketiga genus tersebut adalah Chromileptes, Plectropomus, dan Epinephelus.
Spesies kerapu komersial genus Chromileptes adalah Chromileptes altivelis yang termasuk jenis Serranidae, ordo Perciformes. Jenis kerapu ini disebut juga polka dot grouper atau hump backed rocked atau dalam bahasa lokal sering disebut ikan Kerapu Tikus. Ciri-ciri tubuh adalah berwarna dasar abu-abu dengan bintik hitam. Ikan kerapu tikus juga sering disebut sebagai ikan kerapu bebek merujuk pada cirri-ciri tubuhnya yang dihiasi bintik-bintik kecil bulat berwarna hitam dan dengan karakteristik tubuhnya yang seperti itu jenis kerapu ini dalam perdagangan internasional disebut sebagai panther fish. Daerah habitatnya meliputi Kep. Seribu, Kep. Riau, Bangka, Lampung dan kawasan perairan terumbu karang.
Spesies kerapu dari genus Plectrocopomus yang sudah dapat dibudidayakan dan memiliki nilai jual yang cukup tinggi adalah ikan kerapu sunuk atau kerapu merah (Plectrocopomus leopardus) yang banyak dibudidayakan oleh karena jenis ikan ini ternyata pertumbuhannya lebih cepat daripada jenis ikan kerapu lainnya, dan benihnya selain diperoleh dari alam (penangkapan) juga sudah dapat diadakan dengan cara pemijahan dalam bak. Kerapu Sunuk (coral trout) sering ditemukan hidup di perairan berkarang. Badan ikan memanjang tegap. Kepala, badan, dan bagian tengah dari sirip berwarna abu-abu kehijau-hijauan, cokelat, merah, atau jingga kemerahan dengan bintik-bintik biru yang berwarna gelap pada pinggirnya. Bintik-bintik pada kepala dan bagian depan badan sebesar diameter bola matanya atau lebih besar. Pada jenis kerapu sunu lodi kasar umumnya bintik-bintik biru di badan berbentuk lonjong. Sebaliknya, pada kerapu sunu lodi halus bintik-bintik ini berbentuk bulat dan lebih kecil ukurannya bintik-bintik yang ada di bagian belakang badan berbentuk bukat dan berukuran kecil. Sementara itu, bagian bawah kepala dan badan tidak terdapat bintik-bintik biru. Namun, ada satu bintik biru pada pangkal sirip dada. Bentuk ujung sirip ekor ikan kerapu sunu rata. Ujung sirip tersebut terdapat garis putih. Adapun pada sirip punggung ikan terdapat duri sebanyak 7-8 buah. Daerah habitat tersebar di perairan Kep. Karimanjawa, Kep. Seribu, Lampung Selatan, Kep. Riau, Bangka Selatan, dan perairan terumbu karang.
Spesies dari genus Epinephelus adalah ikan Kerapu Lumpur atau estuary grouper (Epinephelus spp) dan ikan kerapu macan yang memiliki nama ilmiah Epinephelus fuscogutattus. Kedua jenis ikan inilah yang sudah dapat dibudidayakan di Indonesia dari genus Epinephelus. Kerapu lumpur mempunyai warna dasar hitam berbintik-bintik sehingga disebut juga kerapu hitam. Bentuk tubuh memanjang Bagian kepala dan punggung berwarna gelap kehitaman, sedangkanperut berwarna keputihan. seluruh tubuhnya dipenuhi bintik-bintik kasar berwarna kecokelatan atau kemerahan. Spesies ini paling banyak dibudidayakan karena laju pertumbuhannya yang cepat dan benih relatif lebih banyak ditemukan. Daerah habitat banyak ditemukan di Teluk Banten, Segara Anakan, Kep. Seribu, Lampung, dan daerah muara sungai.
Kerapu macan termasuk kelompok ikan kerapu yang berharga tinggi. Jenis kerapu ini merupakan ikan asli Indonesia yang hidup tersebar di berbagai perairan berkarang di Nusantara. Selain di Indonesia, daerah penyebaran kerapu macan meliputi perairan di wilayah Indo-Pasifik. Bentuk ujung sirip ekor, sirip dada, dan sirip dubur ikan berupa busur. Kepala dan badannya berwarna abu-abu pucat kehijauan atau kecokelatan. Badan dipenuhi dengan bintik-bintik gelap berwarna jingga kemerahan atau coklat gelap. Bintik-bintik di bagian tengah lebih gelap dibanding yang di pinggir. Ukuran bintik semakin mengecil ke arah mulut. Adapun punggung dan pangkal sirip punggung ikan terdapat bercak besar kehitaman.
Dalam pembudidayaan ikan kerapu di atas perlu diperhatikan hal-hal berikut agar pembudidayaan dapat berhasil, yaitu :
- Terlindung dari gelombang besar dan badai, sebab ikan mudah menjadi stres dan menurunkan selera makan apabila terus menerus dihantam gelombang,
- Terlindung dari ancaman predator yaitu hewan buas laut (ikan butal dan ikan besar lainnya) dan burung laut,
- Terlindung dari ancaman pencemaran buangan limbah industri, limbah pertanian dan limbah rumah tangga,
- Terlindung dari hilir mudik lalu lintas kapal karena selain akan menimbulkan riak-riak gelombang juga buangan kapal (minyak solar dll) akan mencemari area pemeliharaan